Ecologistas en Acción Guadalajara considera que el proyecto de interconexión de las cuencas de los ríos Sorbe y Bornova, a través de los embalses de Beleña y Alcorlo, afectaría gravemente al medio ambiente de la provincia, en especial al Parque Natural de la Sierra Norte y zonas protegidas de esa área.
En 2011, la Secretaría de Estado de Cambio Climático, encabezada por Teresa Ribera, ya descartó este proyecto, puesto que la interconexión tendría efectos negativos sobre el equilibrio hídrico de la Sierra Norte, disminuiría el régimen natural de los caudales de ambas cuencas, agravaría la contaminación de los cauces, incrementaría la turbidez del agua, reduciría el oxígeno disuelto, aumentaría la temperatura del agua y alteraría la fauna y la flora asociadas. Advertía además que los productos utilizados para el tratamiento del túnel necesario para esta obra podría contaminar el agua.
Igualmente, el Centro de Estudios y Experimentación de Obras Públicas (CEDEX) ya argumentó que este proyecto afectaría gravemente al régimen natural de ambas cuencas en uno de los pocos tramos fluviales del centro de la Península que permanece casi inalterado, mientras que el Organismo Autónomo de Espacios Naturales de Castilla-La Mancha advirtió que se comprometerían seriamente los objetivos de la declaración del Parque Natural de la Sierra Norte, y que se vería afectada la integridad de otros espacios protegidos de la Sierra de Ayllón.
Ecologistas en Acción afirma que, apenas trece años después, nada hace pensar que el impacto de la interconexión vaya a ser ahora menor. Es más, puede ser todavía más grave debido al cambio climático y a las recurrentes sequías que sufre la provincia. Este proyecto contrasta con la defensa de la Junta de Castilla-La Mancha de la modificación de las reglas del trasvase Tajo-Segura para garantizar el caudal ecológico del Tajo. Indiscutiblemente se verían mermados los cauces del Sorbe y el Bornova, tributarios del río Jarama y, en último término, del Tajo, que se vería también perjudicado.
La Sierra Norte alberga hábitats de interés comunitario ligados a estos ríos que serían afectados, como las turberas ácidas, las fresnedas y alisedas y los melojares húmedos. También se comprometería la recuperación del desmán ibérico, especie en peligro de extinción en Castilla-La Mancha del que, si bien se presupone desaparecido en Guadalajara, no se descarta la supervivencia de pequeñas poblaciones en algunos arroyos de montaña.
En contra de las manifestaciones de los últimos meses, el volumen de agua conseguido no se destinaría prioritariamente al desarrollo de la comarca, sino a grandes proyectos del Corredor del Henares o incluso a obras delirantes como la hipotética playa de Alovera, de manera que las poblaciones del entorno de ambos ríos continuarían con graves problemas de despoblación y falta de perspectivas. Pero el descenso en la calidad medioambiental de su entorno sí que repercutiría negativamente en los negocios relacionados con el turismo rural y de naturaleza y con los deportes al aire libre.
